Pergerakan Varian Mutasi SARS-CoV-2 di Jepang
Tidak terasa sudah setahun sejak saya
bergabung dalam COVID-19 project team di tempat kerja saya. Project ini sendiri bertujuan
untuk mempercepat penanganan COVID-19 di Jepang melalui gabungan kerja klinis
dan riset aktif dari semua bidang medis yang terlibat; baik dari frontline,
medical ethics, epidemiological, genome sequencing, serological diagnosis, therapeutic
analysis (Avigan, Remdesivir trials, convalescent plasma, dsb) hingga
prevention approaches. Saya sendiri lumayan keriting karena harus meluangkan
banyak waktu untuk belajar topik-topik baru yang bukan bidang saya sebelumnya. Kalau
lagi kecapekan kadang saya berasa …duh sampai kapan ya ini…sudah satu tahun, dan
belum ada tanda tanda pandemik akan segera berakhir dengan cepat.😵
Virus SARS-CoV-2 ini juga terus
berupaya meloloskan diri dari berbagai upaya yang kita lakukan. Variasi mutasi semakin
lama semakin banyak sementara kita semua masih terbentur dengan berbagai
kendala penanganan yang belum maksimal di banyak sektor. Beneran deh butuh kesabaran
dan kerja keras dari kita semua (👈自分へのメッセージ).
---
Berikut saya coba cerita secara
sederhana tentang pergerakan variant mutasi dari SARS-CoV-2 sejak awal
ditemukan pertama kali di Jepang.
Awal ditemukan kasus SARS-CoV-2 di
Jepang, virus yang keluar merupakan turunan langsung dari virus yang awalnya
ditemukan di Wuhan, China. Varian group yang tergolong “ancestor” ini diberi
kode grup 19A, 19B (Nextstrain clade) warna ungu – ungu kebiruan. Kelompok ini yang
sering kita dengar di televisi mendapat julukan sebagai “従来株” – juraikabu.
Lambat laun penyebaran di Jepang meluas dan variant mutasi pun juga mulai terdeteksi satu demi satu. Variasi virus yang dominant di Jepang berasal dari group 20B (Nextstrain), Lineage B.1.1. (PANGO Lineages). Pergerakan virus yang diberi kode grup warna hijau ini jelas mulai terlihat meluas sejak Maret 2020, hingga akhirnya mendominasi strain virus di Jepang sepanjang tahun 2020.
Dec 2020 – Apr 2021
Akhir tahun 2020, kita mendengar
adanya strain mutasi virus yang muncul di Inggris dan dikenal sebagai varian 501Y.V1, atau B.1.1.7, atau
Variant of Concern (VOC)-202012 / 01. Varian ini diduga 30-50% lebih infeksius
dibandingkan dengan varian lain yang sedang beredar dan meningkatkan resiko
kematian hingga 64% [Ref1]. Ada beberapa key mutations di dalam genome virus,
diantaranya N501Y yang diduga menyebabkan virus lebih mudah untuk menempel pada
receptor sel tubuh manusia. Untungnya, vaksin mRNA yang dipakai saat ini diperkirakan
masih efektif terhadap varian B.1.1.7 tersebut [Ref2].
Pergerakan virus ini diberi kode warna
orange, dan kita bisa lihat hanya dalam waktu beberapa bulan varian mutasi
virus ini sudah unjuk gigi, mulai naik mendominasi penyebaran virus di Jepang.
Varian 501Y.V2 (Afrika) atau B.1.351; varian
501Y.V3 (Brazil) atau lineage P1; maupun varian B.1.617 (India) juga sudah ditemukan di Jepang
tapi saat ini pergerakannya belum meluas dibandingkan dengan varian dari UK.
Varian Afrika B.1.351 selain memiliki mutasi
N501Y seperti varian Inggris, juga memiliki mutasi E484K. Mutasi E484K terjadi di area dekat spike (S) sehingga berpotensi merubah bentuk S-protein virus. Perubahan ini yang diduga bisa menyebabkan virus lolos dari vaksin, sistem kekebalan tubuh, atau neutralizing antibodies. Bahkan memang sudah ada laporan kalau vaksin AstraZeneca, yang saat ini sedang menunggu
approval dari pemerintah Jepang, tidak efektif untuk varian Afrika ini [Ref3].
Varian B.1.617 atau インド変異株sebenarnya mempunyai banyak mutasi, tetapi
saat ini sering disebut sebagai “double mutant”. Ini karena kebetulan ada dua
tempat mutasi yang krusial yakni E484Q dan L452R. Mutasi E484Q ini jadi
perhatian karena terletak di lokasi yang
sama dengan mutasi E484K di varian Afrika. Varian yang sedang mewabah di India ini
sudah masuk list WHO menjadi “Varian of Interest” [4].
--
Pusing yaaa? Samaaaa …! saya juga. Dan semakin banyak varian yang keluar, akan semakin jauh dari harapan pandemik bisa selesai cepat. Mari tetap sebiasanya kita berusaha “tidak tertular dan tidak menularkan”.
Semoga tulisan ini sedikit banyak bisa membantu untuk kita
lebih memahami bagaimana perkembangan COVID-19 di Jepang saat ini.
“Stay Safe, Get Informed, and Be Wise”
Tokyo, 6 Mei 2021
Dr. Kathryn Effendi
References:
Nextstrain (maintained by Center for
Medical Genetics Keio University Hospital).
[1] https://www.bmj.com/content/372/bmj.n579
[2] https://jamanetwork.com/journals/jama/fullarticle/2777785
[3] https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2102214?query=featured_home
[4] https://www.cnbc.com/2021/05/03/who-is-closely-monitoring-10-covid-variants-as-virus-mutates-around-the-world-.html
No comments:
Post a Comment